Sur son territoire, l’Agglo bénéficie de deux ports maritimes, dont elle est gestionnaire depuis le 1er janvier 2016. Courant 2016, elle a lancé la procédure visant à confier leur exploitation à un opérateur spécialisé. La délégation de service public est opérationnelle depuis le 1er janvier 2017.

L’Agglo porte en effet un important projet de modernisation de ses ports, visant à faire du territoire une destination éco-touristique et maritime d’excellence.